Sejarah Desa Segunung bermula dan berkembang seirama dengan berdirinya Kerajaan Mojopahit. Dimana sebelumnya daerah ini masih berupa hutan belantara sebagai wilayah yang masuk wilayah kekuasaan kerajaan Dhoho Kediri di bawah kekuasaan wilayah Kadipaten dengan Adipati Aria Wiraraja. Tumbangnya Kerajan Dhoho Kediri dibawah pemerintahan Jaya Katwang oleh Sanggrama Wijaya pendiri Majapahit yang sekaligus menantu Kertanegara dari Singosari pada abad XII sebagai titik awal terbukanya hutan hutan belantara di sekitar Mojopahit.
Desa Segunung yang berada sekitar 3 Kilometer dari kampung kelahiran Ra Kuti (Karang Kuten)merupakan daerah yang mempunyai hubungan historis dengan kerajan Mojopahit, situs situs sejarah yang hingga kini masih ada antara lain: disebelahan timur desa Segunung terdapat wilayah yang dinamakan Gilang (Batu Gilang tempat eksekusi terpidana mati), pada lokasi ini terdapat banyak Blok blok makam kecil serta punden punden yang konon adalah kuburan para terpidana mati yang dieksekusi di atas Batu Gilang tersebut. Sekitar 300 Meter sebelah barat Gilang (tepatnya di Dusun Segunung Sekarang), terdapat makam Sentono yakni makam pejabat kerajaan Majapahit. Dan dari sinilah asal usul kehidupan Desa Segunung terbentuk dan berkembang.
Konon dikisahkan, bahwa makam Sentono adalah tempat pemakaman khusus untuk keluarga keluarga pejabat kerajaan Majapahit, bahakan disini dimakam ini terdapat lurah lurah kerajaan Majapahit, Tumenggung, para prajamuka, para punggawa(Sentono)dsb. Lokasi makam sentonoberdekatan dengan sebuah Sendang/Kedung yang cukup besar/gedhe. Sebagai makam para Sentono, Kerajaan Majapahit menempatkan seorang juru kunci Makam. Juru kunci makam ini bertugas sebagai perawat kebershan dan penjaga makam disamping petunjuk jalan para pesziarah makam.